Towards A Grid Infrastructure For Hydro-Meteorological Research

The Distributed Research Infrastructure for Hydro-Meteorological Study (DRIHMS) is a coordinatedaction co-funded by the European Commission. DRIHMS analyzes the main issuesthat arise when designing and setting up a pan-European Grid-based e-Infrastructure for researchactivities in the hydrologic and meteorological fields. The main outcome of the projectis represented first by a set of Grid usage patterns to support innovative hydro-meteorologicalresearch activities, and second by the implications that such patterns define for a dedicatedGrid infrastructure and the respective Grid architecture

A ParHorus Overview

In questo documento si fornisce una panoramica sulla libreria parallela per l\u27elaborazione di immagini ParHous. Scritta dal Dr. Frank J. Seinstra, Universit? di Amsterdam, essa risulta essere la parallelizzazione della gi? esistente libreria Horus, a cui lo stesso autore ha partecipato. Nel documento vengono dettagliate le tecniche di organizzazione del codice e del parallelismo della libreria, che viene fornito in maniera trasparente, cio? nascosto all\u27utente. Altra caratteristica del codice ? la definizione di un modello di performance che ? progettato sulla definizione della APIPM (Abstract Parallel Image Processing Machine)

Valutazione di tecniche di ottimizzazione nell\u27implementazione di Librerie Parallele

No abstract availableIl fine di questo documento ? raccogliere in maniera sistematica le sperimentazioni che abbiamo portato avanti al fine di sviluppare una libreria parallela per image processing scritta in C ed MPI. In particolare le considerazioni fatte riguardano la distribuzione dei dati, che nello strumento che vogliamo sviluppare coincider? con la fase di I/O di un programma parallelo. In queste sperimentazioni viene utilizzato MPI 1, che ? uno strumento in qualche modo limitato rispetto alla versione 2 di MPI soprattutto nell\u27ambito dell\u27I/O. Sviluppi futuri prevedono l\u27utilizzo di questo strumento. Il documento dopo aver analizzato il concetto di I/O, propone tre possibili strategie da seguire e presenta risultati sperimentali ottenuti. Viene poi presentata una struttura dati in cui memorizzare le immagini

Basic Building Block for an Image Processing Library

No abstract availableIl fine di questo documento ? la definizione dei building block sequenziali per l\u27image processing al fine di definire la specifica di una libreria. Il lavoro qui presentato si compone quindi di due parti, nella prima si vanno ad individuare le operazioni di base dell\u27elaborazione di immagini e se ne definiscono le testate. Nella seconda parte si vanno a sperimentare varie tecniche che mirano all\u27ottimizzazione del codice tramite l\u27utilizzo della gerarchia di memoria, i livelli di cache e la loro dimensione, una volta noti gli strumenti che si andranno ad utilizzare. Quest\u27ultima parte si prevede quindi una fase di proposta e di validazione tramite i risultati sperimentali ottenuti; i test effettuati riguardano la struttura dati che andr? a contenere l\u27immagine, il passaggio dei parametri tra le varie funzioni, l\u27organizzazione dei cicli di elaborazione dei dati. L\u27elemento discriminante in tutto il lavoro ? la valutazione dell\u27impatto di talune proposte sui tempi di esecuzioni, le decisioni definitive in ambito implementativo sono quelle che offrono le prestazioni migliori oppure il miglior compromesso tra informazioni e performance

Un esempio di code encapsulation tramite CORBA

No abstract availableIn questo documento viene descritta la nostra esperienza nel riutilizzo di codice legacy parallelo in ambiente distribuito; nello specifico il codice ? una libreria parallela per image processing con un\u27impostazione di tipo SPMD, realizzata utilizzando MPI. Tale lavoro nasce dall\u27affermazione di nuove tecnologie, che pongono dei limiti ai software esistenti, rendendone necessaria un\u27evoluzione che permetta di sfruttare i vantaggi offerti dalle nuove infrastrutture, senza cancellare quanto fino ad ora si ? utilizzato. Tipicamente il riutilizzo del codice avviene tramite incapsulamento; con questa metodologia siamo riusciti a trasformare le operazioni fornite dalla libreria in servizi forniti da un Server parallelo per l\u27image processing. Esso ? stato implementato utilizzando CORBA, Common Object Request Broker Architecture, e definendo una strategia che permetta di sfruttare il parallelismo del legaci code, senza dover modificare lo standard CORBA e continuando a garantire delle esecuzioni efficienti

Integrazione e sviluppo di librerie parallele in un ambiente di programmazione Grid-aware basato su un modello a component

No abstract availableIl fine di questo documento ? la definizione di strategie che permettano l\u27utilizzo di librerie parallele in un ambiente di programmazione strutturato Grid- Aware e basato su un modello a componenti, quale sar? ASSIST nelle future versioni. In particolare siamo interessati a librerie parallele il cui dominio specifico d\u27applicazione ? l\u27image processing; arricchendole delle politiche di ottimizzazione e l\u27insieme di possibilit? di calcolo che ASSIST fornisce. Le strade che ci proponiamo ci percorrere sono sostanzialmente due: l\u27integrazione in ambiente Assist di una libreria disponibile, presentata all\u27interno del documento, in modo da riuscire ad utilizzarne tutte le funzionalit? all\u27interno di programmi ASSIST; lo sviluppo si una libreria parallela per l\u27image processing nativa in ambiente ASSIST, che si basi sulla sua filosofia di programmazione e ne sfrutti tutte le potenzialit?. Per raggiungere tali obiettivi all\u27interno del documento vengono presentate e dettagliate differenti possibilit?, prendendo in considerazione i pro ed i contro, e lo stato dell\u27arte

A Combined MPI-CUDA Parallel Solution of Linear and Nonlinear Poisson-Boltzmann Equation

The Poisson-Boltzmann equation models the electrostatic potential generated by fixed charges on a polarizable solute immersed in an ionic solution. This approach is often used in computational structural biology to estimate the electrostatic energetic component of the assembly of molecular biological systems. In the last decades, the amount of data concerning proteins and other biological macromolecules has remarkably increased. To fruitfully exploit these data, a huge computational power is needed as well as software tools capable of exploiting it. It is therefore necessary to move towards high performance computing and to develop proper parallel implementations of already existing and of novel algorithms. Nowadays, workstations can provide an amazing computational power: up to 10 TFLOPS on a single machine equipped with multiple CPUs and accelerators such as Intel Xeon Phi or GPU devices. The actual obstacle to the full exploitation of modern heterogeneous resources is efficient parallel coding and porting of software on such architectures. In this paper, we propose the implementation of a full Poisson-Boltzmann solver based on a finite-difference scheme using different and combined parallel schemes and in particular a mixed MPI-CUDA implementation. Results show great speedups when using the two schemes, achieving an 18.9x speedup using three GPUs

Json-GUI—A module for the dynamic generation of form-based web interfaces

Json-GUI is an AngularJS front-end module that dynamically generates form-based web interfaces. Starting from a formal JSON configuration object describing a list of inputs, Json-GUI is able to build a form frame interface at runtime, with standard and personalized validation rules, giving the possibility to define constraints between input fields. Validated data are stored as Json objects or text files. Json-GUI has been exploited by scientific communities to effectively reduce the development and maintenance of customized user interfaces in science gateways. Moreover, Json-GUI can also be employed in the development of general-purpose Web forms. Keywords: AngularJS, Web form, Science gateway